Pour tout le monde, Cody Banks est un adolescent comme les autres : il aime le skate, le rock et perd tous ses moyens devant les filles. Personne ne se doute que Cody a passé son été dans un centre d'entraînement pour adolescents supervisé par la CIA. Il vit alors le rêve de tout jeune de son âge : être un agent secret.
Le jugeant mûr pour une première mission, l'Agence charge Cody d'espionner le docteur Connors, inventeur de robots microscopiques assez puissants pour entraîner la destruction du monde.